דברי הפרשנות לפונדק הרוחות כטקסט ספרותי יצאו עד עתה רובם ככולם מתוך נקודת מבט של זיקות בינ-טקסטואליות.  הודגשה החזרה על מוטיבים המצויים בכוכבים בחוץ, בשמחת עניים, "שיר עשרה אחים", עיר היונה, או שצוינה ההסתמכות על מחזות מספרות העולם. כמו-כן הושם לב לתשתית מאגדות ישראל ואגדות העמים המתגלה במחזה. דן מירון טען כי האהבה בצל המוות היא הניצבת במרכז המחזה.  לדעתו, אהבה כזו שכוחה עמה לעמוד מול המוות ואף לאחריו, באווירה של המעשיות הגוֹתיות, היא לב ליבם של שירי שמחת עניים, והיא אף מצויה במוקד כל שירת אלתרמן ואף בפונדק הרוחות.  אלי שביד טרח בפירוט המוטיבים המשותפים: ההֵלך, הנודד, הפונדק והפונדקית.  דבורה גילולה מציינת את שניות הגוף והרוח, מוטיב החציה והכפל המצוי במחזה ובמקומות אחרים ביצירת אלתרמן.  כמו-כן ניתן להצביע על מוטיב החטוטרת המשותף לשירי אלתרמן ולפונדק הרוחות.